故事發生在上古封神戰爭後。

自上古第一次萬仙截：封神戰爭結束後，所有榜上有名仙人得以在天庭為神各司其職，三界清平。

各教主稟奏玉皇大帝，宣稱封神戰爭歷經數年，其間的過程飽含各種功法臨陣對敵之效，而且各家各派，各山各島，三教無數門派的法術、法寶融會其中對仙家極有價值，應記錄在冊，用以造福後世。玉帝立刻傳各教主執掌此事，彙編本教各門弟子神仙，編撰天書。
三教眾仙不懈努力，終於得成天書，三教分別編注，彙編闡教一書：曰道法天書；彙編劫教一書：曰秘法天書；彙編釋教一書：曰佛法天書；並天書三藏，三十五部，凡五千零四十八卷。

編撰工作動用了天庭在職神官，西方教佛祖、菩薩一百八十六名。歷時三十載終於完成。
時年天書編撰完成，玉帝並各教主希望三藏天書得而歸一由天庭執掌，則在瑤池召開“天書大會”準備三教眾人組成天書法會，進行研究工作。

豈料，大會上各教主帶到三藏天書時，均各有異象，天書會上，眾神群仙齊聚瑤池，準備三書共覽，怎料到三書在七寶靈臺上幻化外形，一時間風雲雷電、烈火、洪峰彙聚，眾仙只見三書分別化成人、獸、仙互相廝打，雲霧中隱隱鬼哭神嚎，驚天動地，各種法術綻開在碧波瑤池，驚的玉帝退避，王母縮頭，眾仙四散逃竄，三教主還待運法術壓制，豈知一陣轟鳴，陣得玉宇震盪，九天顫搖，三天書化作無數碎片，灑向天地人三界，其碎片遇物則變，幻化成型，那碎片遇仙則煉，遇人則融，遇獸而制，遇器成型，遇五行而入。萬世生靈與天書相互糾纏，禍亂橫行。

玉帝當場追問眾仙為何如此，經過眾仙的調查、三教主的分析得知，原來由於封神戰爭的影響，所以每個門派中都在書中記載自己的法術用法、用途、優勢、缺點，以及如何破解其他門派法術的內容，以至於，三書自成數日起天命對立、無法共處，更由於眾位仙班撰寫自己章節的時候加入了各人法力，使得三書之間不能相容，相互爭鬥以致損毀，分散於各處。

玉帝急忙頒佈詔書，立刻成立機構天書閣，由太上老君負責指揮，觀音負責整理，各路神仙負責廣布消息，三界動員尋找天書碎片，力保將天書收服，從新編輯。

豈知，三界各路不論神仙、妖怪、人類、靈獸得知此事，無不準備找到碎片，據為己有，多多收集越多越好。而那些被碎片或侵佔、或附身、或被占為己用的人、仙、獸也紛紛利用天書異能，找尋其他碎片，妄想一舉湊成天書三界稱雄。
玩家正是這個時候在三界各處崛起的翹楚人物，肩負收集天書碎片的重任，還三界一份清靜……